Yonaguni — dünyada ən kiçik at cinslərindən biri, əsl ada poni kimi təsnif edilir. Son dərəcə primitiv, yığcam və möhkəm, braxiomorf (qısa və enli) bədən quruluşlu, yaxşı inkişaf etmiş əzələ sistemi və möhkəm skeleti olan at. Çiyin hündürlüyü 1050–1220 mm (orta 1120–1150 mm), canlı çəkisi 180000–240000 g (adətən 200000–220000 g), bədən uzunluğu 1300–1450 mm. Format indeksi (bədən uzunluğu / çiyin hündürlüyü) ≈ 1,20–1,25. Sümüklülük indeksi (ön qol ətrafı / çiyin hündürlüyü) ≥ 13,5 %. Başı nisbətən iri, alın hissəsi enli, düz və ya bir qədər içəri əyilmiş profilli. Boynu qısa, qalın, aşağı və demək olar ki, üfüqi çıxışlı. Bədəni yığcam, çəlləkşəkilli, dərin. Arxası qısa, enli, tez-tez bir qədər yumşaq. Qarını dairəvi, bir qədər maili. Ayaqları çox möhkəm, qısa topuqlu, enli qol sümükləri (ön qol sümüyünün uzunluğu 140–165 mm, ətrafı 145–170 mm). Dırnaqları enli, möhkəm, dairəvi, tez-tez fincanşəkilli, qara və ya tünd buynuz divarlı. Quyruğu aşağıda yerləşmiş, qalın, kobud tüklü, tez-tez yerə qədər uzanır. Qış yunu çox qalın və uzun (40–50 mm-ə qədər), alt tüklü; yay yunu qısa, hamar, parlaq. Dərisi qalın, tünd piqmentli. İcazə verilən rənglər: qəhvəyi (üstünlük təşkil edir), qara-qəhvəyi, qırmızı, boz, qəhvəyi, ala, vəhşi rəngli primitiv işarələrlə (bel xətti, zebra zolaqları). İcazə verilməyən: ala, xallı, krem, gümüşü. Primitiv işarələrin olması yüksək qiymətləndirilir. Digər yapon cinslərindən ən kiçik boyu, ifadəli «meşə poni» tipi, yüksək primitiv işarə faizi, möhkəm konstitusiyası və aşağı boyun çıxışı ilə fərqlənir.