Qaraçay atı — orta ölçülü, yığcam, möhkəm, dağ şəraitinə uyğunlaşmış cinsdir, kvadrat və ya bir qədər uzunsov formatlıdır (indeks 98–102). Çiyin hündürlüyü: madyanlar 1480–1560 mm, ayğırlar 1520–1600 mm. Canlı çəki: madyanlar 400–480 kq, ayğırlar 450–530 kq. Bədənin əyri uzunluğu 1480–1580 mm, döş ətrafı 1800–1950 mm. Quru, yüngül, şərq tipli başı geniş alınla və bir qədər qabarıq («qoç» və ya «qartal») profillə, orta uzunluqda əzələli boyunla, ayğırların ensə və yəli ilə, qısa möhkəm bel, geniş əzələli qrup, quru möhkəm ayaqları və möhkəm tünd dırnaqları ilə fərqlənir. Qış yunu çox sıx və uzundur (40–50 mm-ə qədər), yay yunu qısa, hamar və parlaqdır. Üstünlük təşkil edən rənglər: qara (dominant), tünd qəhvəyi, qəhvəyi, qara-qəhvəyi, boz (o cümlədən almaşəkilli). Kiçik ağ işarələrə icazə verilir; ala və çubary rənglər diskvalifikasiya olunur. Əsas ev atından daha yığcam bədən quruluşu, kiçik boy, dırnaq və vətərlərin müstəsna möhkəmliyi, sıx qış örtüyü və yüksək dağ şəraitinə uyğunlaşma ilə fərqlənir.