Yonaguni — адна з самых дробных парод коней у свеце, класіфікуецца як сапраўдны астраўны поні. Вельмі прымітыўны, кампактны і моцны конь брахіёморфнага (кароткага і шырокага) целаскладу, з добра развітой мускулатурай і моцным касцяком. Вышыня ў карку 1050–1220 мм (сярэдняе 1120–1150 мм), жывая маса 180000–240000 г (звычайна 200000–220000 г), даўжыня корпуса 1300–1450 мм. Індэкс фармату (даўжыня корпуса / вышыня ў карку) ≈ 1,20–1,25. Індэкс касцістасці (абхоп пяці / вышыня ў карку) ≥ 13,5 %. Галава адносна буйная, шырокая ў лобнай частцы, з прамым або злёгку ўвагнутым профілем. Шыя кароткая, тоўстая, з нізкім амаль гарызантальным выхадам. Корпус кампактны, бочкападобны, глыбокі. Спіна кароткая, шырокая, часта злёгку мяккая. Круп акруглены, злёгку пахілы. Канечнасці вельмі моцныя, з кароткімі бабкамі, шырокімі пясцямі (даўжыня пярэдняй пяці 140–165 мм, абхоп 145–170 мм). Капыты шырокія, моцныя, акругленыя, часта чашападобныя, з чорнай або цёмна-рогавай сценкай. Хвост нізка пасаджаны, густы, з грубым валасом, часта дасягаючым зямлі. Зімовая поўсць вельмі густая і доўгая (да 40–50 мм), з падшэрсткам; летняя — кароткая, гладкая, бліскучая. Скура тоўстая, цёмна-пігментаваная. Дапушчальныя афарбоўкі: гняды (пераважаючы), варона-гняды, рыжы, мышысты, буры, чалы, саўрасавы з прымітыўнымі адзнакамі (рамянь па спіне, зебраіднасць). Недапушчальныя: пегі, чубары, крэмавыя, серабрысты. Высока цэніцца наяўнасць прымітыўных адзнак. Адрозніваецца ад іншых японскіх парод самым маленькім ростам, выяўленым «лясным поні» тыпам, высокім працэнтам прымітыўных адзнак, моцнай канстытуцыяй і нізкім выхадам шыі.