Yonaguni — աշխարհի ամենափոքր ձիերի ցեղատեսակներից մեկն է, դասակարգվում է որպես իսկական կղզու պոնի։ Չափազանց պարզունակ, կոմպակտ և ամուր ձի՝ բրախիոմորֆ (կարճ և լայն) կազմվածքով, լավ զարգացած մկաններով և ամուր ոսկրային համակարգով։ Խոյակի բարձրությունը 1050–1220 մմ (միջինը 1120–1150 մմ), կենդանի զանգվածը 180000–240000 գ (սովորաբար 200000–220000 գ), մարմնի երկարությունը 1300–1450 մմ։ Ձևի ինդեքսը (մարմնի երկարություն / խոյակի բարձրություն) ≈ 1,20–1,25։ Ոսկրայնության ինդեքսը (նախաթաթի շրջագիծ / խոյակի բարձրություն) ≥ 13,5 %։ Գլուխը համեմատաբար մեծ է, ճակատային մասում լայն, ուղիղ կամ թեթևակի գոգավոր պրոֆիլով։ Վիզը կարճ է, հաստ, ցածր գրեթե հորիզոնական ելքով։ Մարմինը կոմպակտ է, տակառաձև, խոր։ Մեջքը կարճ է, լայն, հաճախ թեթևակի փափուկ։ Խաչքը կլորավուն է, թեթևակի թեք։ Վերջույթները շատ ամուր են, կարճ պսակներով, լայն նախաթաթերով (առջևի նախաթաթի երկարությունը 140–165 մմ, շրջագիծը 145–170 մմ)։ Սմբակները լայն են, ամուր, կլորավուն, հաճախ գավաթաձև, սև կամ մուգ եղջերային պատով։ Պոչը ցածր է տեղավորված, խիտ, կոշտ մազով, հաճախ հասնում է գետնին։ Ձմեռային բուրդը շատ խիտ և երկար է (մինչև 40–50 մմ), ենթամազով; ամառայինը՝ կարճ, հարթ, փայլուն։ Մաշկը հաստ է, մուգ գունավորված։ Թույլատրելի գույներ՝ դեղնաշագանակագույն (գերակշռող), սևադեղնաշագանակագույն, կարմրաշիկ, մոխրագույն, դարչնագույն, խայտաբղետ, վայրի գույն պարզունակ նշաններով (գոտի մեջքի երկայնքով, զեբրոիդություն)։ Անթույլատրելի՝ խայտաբղետ, խայտավոր, կրեմագույն, արծաթագույն։ Բարձր է գնահատվում պարզունակ նշանների առկայությունը։ Տարբերվում է ճապոնական այլ ցեղատեսակներից ամենափոքր հասակով, արտահայտված «անտառային պոնի» տիպով, պարզունակ նշանների բարձր տոկոսով, ամուր կազմվածքով և վզի ցածր ելքով։