モンゴル馬は小型で耐久性のある原始的なステップタイプの品種。体高122–138 cm（牡馬130–135 cm、牝馬125–132 cm）、体重240–360 kg（平均270–320 kg）。体長140–155 cm、胸囲150–175 cm。体型はコンパクトで「四角形」（体型指数≈1.00–1.05）、短く幅広い頭部、短く太い首、深く広い胴体、短くまっすぐな背中、強力な尻、頑丈な四肢を特徴とする。極めて密集した冬の被毛（80–100 mmまで）、尻と側腹部への脂肪蓄積能力（「脂肪こぶ」）、非常に丈夫で丸い蹄を有する。すべての毛色が許容され、最も多いのは鹿毛、青毛、葦毛、マウス毛、栗毛、黒毛、芦毛；原始的な斑紋（背線、シマウマ様斑）が特徴的。