Yonaguni — одна из самых мелких пород лошадей в мире, классифицируется как настоящая островная пони. Крайне примитивная, компактная и крепкая лошадь брахиоморфного (короткого и широкого) телосложения, с хорошо развитой мускулатурой и крепким костяком. Высота в холке 1050–1220 мм (среднее 1120–1150 мм), живая масса 180000–240000 г (обычно 200000–220000 г), длина корпуса 1300–1450 мм. Индекс формата (длина корпуса / высота в холке) ≈ 1,20–1,25. Индекс костистости (обхват пясти / высота в холке) ≥ 13,5 %. Голова относительно крупная, широкая в лобной части, с прямым или слегка вогнутым профилем. Шея короткая, толстая, с низким почти горизонтальным выходом. Корпус компактный, бочкообразный, глубокий. Спина короткая, широкая, часто слегка мягкая. Круп округлый, слегка покатый. Конечности очень крепкие, с короткими бабками, широкими пястями (длина передней пясти 140–165 мм, обхват 145–170 мм). Копыта широкие, крепкие, округлые, часто чашеобразные, с чёрной или тёмно-роговой стенкой. Хвост низко посажен, густой, с грубым волосом, часто достигающим земли. Зимняя шерсть очень густая и длинная (до 40–50 мм), с подшёрстком; летняя — короткая, гладкая, блестящая. Кожа толстая, тёмно-пигментированная. Допустимые окрасы: гнедой (преобладающий), вороно-гнедой, рыжий, мышастый, бурый, чалый, саврасовый с примитивными отметинами (ремень по спине, зеброидность). Недопустимы: пегий, чубарый, кремовые, серебристый. Высоко ценится наличие примитивных отметин. Отличается от других японских пород самым маленьким ростом, выраженным «лесным пони» типом, высоким процентом примитивных отметин, крепкой конституцией и низким выходом шеи.