Yonaguni — jedna od najmanjih rasa konja na svetu, klasifikuje se kao prava ostrvska poni. Izuzetno primitivna, kompaktna i snažna konjska rasa brahiomorfnog (kratka i široka) građe, sa dobro razvijenom muskulaturom i jakim koštanim sistemom. Visina u grebenu 1050–1220 mm (prosek 1120–1150 mm), živa masa 180000–240000 g (obično 200000–220000 g), dužina tela 1300–1450 mm. Indeks formata (dužina tela / visina u grebenu) ≈ 1,20–1,25. Indeks koščatosti (obim cevanice / visina u grebenu) ≥ 13,5 %. Glava relativno velika, široka u frontalnom delu, sa ravnim ili blago udubljenim profilom. Vrat kratak, debeo, sa niskim skoro horizontalnim izlazom. Telo kompaktno, bureasto, duboko. Leđa kratka, široka, često blago mekana. Sapice okrugle, blago nagnute. Noge veoma jake, sa kratkim babicama, širokim cevanicama (dužina prednje cevanice 140–165 mm, obim 145–170 mm). Kopita široka, jaka, okrugla, često u obliku čaše, sa crnom ili tamno-rožnatom zidnom površinom. Rep nisko postavljen, gust, sa grubom dlakom, često doseže do zemlje. Zimska dlaka veoma gusta i duga (do 40–50 mm), sa poddlakom; letnja — kratka, glatka, sjajna. Koža debela, tamno pigmentisana. Dozvoljene boje: kestenjasta (najčešća), crno-kestenjasta, riđa, mišja, mrka, čela, savrasova sa primitivnim oznakama (traka duž leđa, zebroidnost). Nedozvoljene: pegava, čubarska, krem, srebrnasta. Visoko se ceni prisustvo primitivnih oznaka. Razlikuje se od drugih japanskih rasa najmanjim rastom, izraženim „šumskim poni“ tipom, visokim procentom primitivnih oznaka, jakom konstitucijom i niskim izlazom vrata.