Yonaguni — дөньядагы иң вак ат токымнарының берсе, чын утрау понисы дип классификацияләнә. Бик примитив, компакт һәм нык, брахиоморф (кыска һәм киң) тән төзелешле ат, яхшы үсешкән мускулатура һәм нык сөякле. Бие биеклеге 1050–1220 мм (уртача 1120–1150 мм), тере авырлыгы 180000–240000 г (гадәттә 200000–220000 г), корпус озынлыгы 1300–1450 мм. Формат индексы (корпус озынлыгы / бие биеклеге) ≈ 1,20–1,25. Сөяк индексы (алгы пясть әйләнәсе / бие биеклеге) ≥ 13,5 %. Башы чагыштырмача зур, маңгай өлешендә киң, туры яки бераз батынкы профильле. Муены кыска, калын, түбән һәм горизонтальга якын чыгулы. Корпусы компакт, бочко рәвешле, тирән. Аркасы кыска, киң, еш кына бераз йомшак. Күкрәге түгәрәк, бераз авыш. Аяк-куллары бик нык, кыска бабкалар һәм киң пястьләр белән (алгы пясть озынлыгы 140–165 мм, әйләнәсе 145–170 мм). Төякләре киң, нык, түгәрәк, еш кына чынаяк рәвешле, кара яки кара-борынча диварлы. Койрыгы түбән утырган, куе, тупас йонлы, еш кына җиргә кадәр җитә. Кышкы йоны бик куе һәм озын (40–50 мм кадәр), асты йонлы; җәйгесе — кыска, шома, ялтыравык. Тересе калын, кара пигментлы. Рөхсәт ителгән төсләр: гнедой (өстенлек итүче), вороно-гнедой, рыжий, мышастый, бурый, чалый, саврасовый примитив тамгалар белән (арка буенча каеш, зеброидлык). Рөхсәт ителми: пегий, чубарый, кремовые, серебристый. Примитив тамгаларның булуы югары бәяләнә. Башка япон токымнарыннан иң кечкенә үсеше, «урман понисы» тибының ачык чагылышы, примитив тамгаларның югары проценты, нык конституциясе һәм муеның түбән чыгуы белән аерыла.