Yonaguni — dunyodagi eng mayda ot zotlaridan biri bo‘lib, haqiqiy orol poni sifatida tasniflanadi. Juda primitiv, ixcham va baquvvat, braxiomorf (qisqa va keng) tuzilishga ega, yaxshi rivojlangan mushaklar va mustahkam skeletga ega. Bo‘yin balandligi 1050–1220 mm (o‘rtacha 1120–1150 mm), tirik vazni 180000–240000 g (odatda 200000–220000 g), tanasi uzunligi 1300–1450 mm. Format indeksi (tana uzunligi / bo‘yin balandligi) ≈ 1,20–1,25. Suyak indeksi (to‘piq aylanasi / bo‘yin balandligi) ≥ 13,5 %. Boshi nisbatan katta, peshona qismi keng, to‘g‘ri yoki biroz botiq profilga ega. Bo‘yni qisqa, qalin, past deyarli gorizontal chiqishga ega. Tana ixcham, bochkasimon, chuqur. Orqa qisqa, keng, ko‘pincha biroz yumshoq. Orqa qismi yumaloq, biroz qiya. Oyoqlari juda mustahkam, qisqa to‘piqlar, keng to‘piq suyaklari (oldingi to‘piq suyagi uzunligi 140–165 mm, aylanasi 145–170 mm). Tuyoqlari keng, mustahkam, yumaloq, ko‘pincha kosasimon, qora yoki to‘q shox devori bilan. Dum past joylashgan, qalin, qo‘pol tukli, ko‘pincha yerga yetadi. Qishki juni juda qalin va uzun (40–50 mm gacha), pastki juni bilan; yozgi juni qisqa, silliq, yaltiroq. Teri qalin, to‘q pigmentlangan. Ruxsat etilgan ranglar: qo‘ng‘ir (ustun), qora-qo‘ng‘ir, qizil, sichqon rang, jigarrang, kulrang, savras rang primitiv belgilari bilan (orqa chizig‘i, zebra belgilari). Ruxsat etilmagan: alaca, chubar, krem rang, kumush rang. Primitiv belgilari yuqori baholanadi. Boshqa yapon zotlaridan eng kichik bo‘yi, aniq “o‘rmon poni” tipi, primitiv belgilari yuqori foizi, mustahkam konstitutsiyasi va past bo‘yin chiqishi bilan farq qiladi.