Малая поганка встречается в умеренном смешанном лесу, где лето тёплое и много дубов, берёз и клёнов, а также на затопляемых лугах с обильной травой, на мелководье у берега, где вода то поднимается, то уходит, и в тайге с холодной зимой и хвойными деревьями. Вид предпочитает пресные воды, пресноводные берега и заводи, озёра и пруды, болота и топи, сушу и наземный лес, при этом высота над уровнем моря может достигать 2 километров. Климат в местах обитания малой поганки разнообразен: лето может быть очень жарким, выше +25…+30 °C, или тёплым и приятным с большим количеством дождей, а также прохладным летом с обильными дождями и снегом зимой. Кроме того, вид обитает в местах, где всегда очень мокро, с почти постоянными дождями, и в местах с тёплым летом и не очень холодной зимой.